تم أنشاء المختبرات المركزية في عام 1982م بمساعدة ودعم الحكومة الألمانية لغرض دعم مشاريع الهيئة لتحليل العينات الصخرية والمعدنية . وقد ساهمت المختبرات المركزية خلال الفترة السابقة في رفد الاقتصاد الوطني كونها كانت الأولى والأحدث على مستوى اليمن بالاستثمار في مجال بناء مصانع الاسمنت وكذا في مجال المعادن والأحجار الكريمة.وتضم الإدارة عدد من الكوادر الفنية المدربة للعمل على مختلف الأجهزة المتوفرة وتتكون الإدارة من أقسام مختلفة ينضم تحتها عدد من الوحدات .
وتعتبر المختبرات المركزية من أهم الإدارات في الهيئة كونها تعنى بإجراء مختلف التحاليل الرسوبية والكيميائية لتقييم مختلف أنواع الصخور والمعادن من ناحية التركيب المعدني والكيميائي ومعرفة مدى صلاحية هذه الصخور والمعادن في مختلف الصناعات وغيرها لغرض التنمية الاقتصادية وردف البنية التحتية للبلد ويقوم كل قسم بالفحوصات المطلوبة وحسب احتياجات الجهات .
2- إجراء التحاليل الجيوكيميائية التي تشمل تحليل العناصر الشائعة والعناصر الأثرية باستخدام أجهزه الطيف الذرى والتحليل بالأشعة فوق البنفسجية وأشعة اكس XRF .
3- تحليل العناصر المشعة في الصخور والخامات بجهاز أشعة اكس السينية و مطياف الكتلة
4- الدراسة البتروجرافية للصخور والمعادن .
5- إجراء بعض الفحوصات التي تخص سلامة البيئة .
6- تحليل المواد الهيدروكربونية من C1- C35 بجهاز GC .
